EMAS si ISO 14001 verifica pe plan extern standardele EMS si prin urmare organismele specificate trebuie sa fie capabile sa stabileasca un sistem de organizare pentru certificare conform standardelor.

Toti cei implicati in certificare vor trebui sa aiba cunostinte adecvate conform standardului, si mai presus de acest lucru, conducerea trebuie sa poata constitui o echipa de evaluare care este potrivta pentru o certificare in amanunt. Nu toti auditorii  vor avea experienta necesara pentru certificarea tuturor organizatiilor din intreaga gama a sectoarelor industriale si serviciilor, prin urmare ei se vor limita la domeniul lor de certificare. Auditorii  trebuie, ca un minimum, sa corespunda criteriilor de calificare ale standardelor ISO pentru auditori sau proiectului criteriilor de calificare ale standardelor ISO pentru auditorii in domeniul mediului inconjurator. 

EMS solicita organizatiilor sa identifice aspectele mediului inconjurator si sa decida care sunt semnificative. Organismele de certificare nu pot contesta opinia unei organizatii despre ceea ce este un aspect semnificativ direct, dar ele au obligatia de a stabili ca bazele pe care operatorul determina ce aspecte ale mediului inconjurator sunt semnificative.

Exista cerinta ca organizatia sa-si ia  angajamentul  pentru perfectionarea continua, acesta ar trebui sa fie punctul central al procesului de certificare.

Atat aspectele directe ale activitatilor organizatiei, cat si cele indirecte  trebuie sa fie luate in considerare. Ghidul disponibil auditorilor pe aceasta tema specifica faptul ca ele ar trebui sa ratifice ca activitatea unui operator cu privire la furnizori si clienti se raporteaza in mod corespunzator  la aspectele mediului inconjurator, inclusiv aspectele indirecte si semnificatia lor.

Unele organizatii care deja au sisteme de managementul calitatii pot dori sa aiba un sistem de certificare care sa  corespunda in acelasi timp sistemelor lor de management. In astfel de cazuri, organismul de certificare poate "revizui o singura data un singur sistem uniformizat in fata a doua standarde". Totusi, diferentele majore dintre obiectivele sistemelor de calitate si al mediului inconjurator trebuie sa fie luate in considerare astfel incat sistemul este pe deplin stabilit fata de cele doua standarde.